Началось все в 1278 году, когда седлецкий аббат привез горсть святой земли из Иерусалима и рассеял её над монастырским кладбищем, и земля стала считаться святой. После этого сюда стали стекаться знатные люди и кладбище разрасталось.

В 1318 году по всей Европе прокатилась волна чумы. Места на кладбище не хватало и стали практиковаться повторные захоронения: кости выкапывались, складывались в часовню, и в старую могилу закапывали новое тело. В итоге оказалось захороненными около 40 тыс. человеческих тел: люди умершие от чумы, знатные люди, военные.

В 1511 году полуслепой монах сложил все кости в 6 пирамид по 2-3 метра, четыре — по углам костницы и две пирамиды в центре. Он не использовал никаких клеящих веществ.

В 1784 году Седлецкий монастырь закрыли. Владельцем его считался князь Шварценберг, который нанял резчика по дереву, чтобы отреставрировать церковь. Франтишек Ринт и создал то, что сейчас называется Костницей.

Человеческие останки не реставрировались ни разу, т.к. это неуважение к умершим.